Tuy nhiên, một nội dung lớn, nổi cộm nhất và mang tính quyết định sẽ được đưa ra bàn thảo trong HNTW 5. Đó là vấn đề nhất thể hóa các chức danh bí thư và chủ tịch ở các cấp chính quyền từ Trung ương tới địa phương. Nghĩa là, trên thực tế mọi cấp chính quyền ở Việt Nam hiện nay tồn tại song trùng 2 bộ máy điều hành, là bộ máy đảng và bộ máy của chính quyền. Đó chính là nguyên nhân dẫn tới tình trạng ở cấp trung ương, hay cấp tỉnh thậm chí là cấp huyện, bên chính quyền có bao nhiêu Bộ, ngành thì bên đảng cũng có tương tự bấy nhiêu ban để chỉ đạo một vấn đề, một công việc. Nhưng trớ trêu hơn cả, trong cơ chế đảng lãnh đạo thì trưởng các bộ, ban, ngành chỉ đóng vai cấp phó và chịu sự lãnh đạo của những người không có kiến thức và trình độ. Như Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng là một mẫu bí thư đảng điển hình.