Một trong những đề xuất cải cách doanh nghiệp nhà nước là xóa bỏ Bộ chủ quản. Đề xuất này đã bị bộ máy quan liêu phớt lờ. Người ta phớt lờ để biến doanh nghiệp nhà nước thành “sân sau” của quan chức các Bộ, là bầu sữa cho các quan chức này vinh thân phì gia. Cơ chế đó khiến cho nhiều vị Bộ trưởng lương thiện dù không lợi dụng bầu sữa này vẫn cứ bị mang tiếng. Bộ là thành viên Chính phủ, phải áp dụng các chính sách công bằng đối với mọi thành phần kinh tế trong lãnh vực mình quản lý. Nhưng khi vướng vào vài trò “chủ quản” doanh nghiệp, các chính sách ban hành ít nhiều thường nghiêng cái lợi thiển cận về phía doanh nghiệp của mình, gây bất lợi cho các doanh nghiệp khác, đồng thời cũng triệt tiêu khả năng sáng tạo dám nghĩ dám làm của các nhà quản lý chuyên nghiệp tại chính các doanh nghiệp do Bộ làm chủ quản.