Nói về người đồng chí thân thiết nhất của mình, cũng là người đứng đầu nhóm “bộ ba Quảng Nam”, Huỳnh Thúc Kháng có một đánh giá rất đáng chú ý, ông gọi Phan Châu Trinh là “nhà cách mạng đầu tiên của Việt Nam”. Như thường thấy ở các nhà Nho uyên thâm chuyển sang Tây học và sử dụng chữ quốc ngữ, Huỳnh Thúc Kháng vốn là người rất nghiêm túc, cẩn trọng, súc tích trong từng câu chữ phát ngôn. Chắc chắn đánh giá trên đây của ông dựa trên những suy ngẫm sâu xa, những hiểu biết rất kỹ về người đồng chí tâm huyết nhất của mình, và những so sánh không hời hợt. Ông hiểu nhà cách mạng không chỉ là người mưu đồ một cuộc nổi dậy, chủ trương một cuộc khởi nghĩa, lật đổ một chính quyền… Nhà cách mạng là người muốn thay đổi một xã hội, biến đổi số phận một dân tộc, chuyển cuộc sống của đất nước và con người sang một cấp độ khác, một đường hướng và một thời đại khác. Chính vì nhận thức như vậy nên ông đã không dành danh hiệu ấy cho ai khác trong những người chiến sĩ và anh hùng cùng thời với ông, ngoài Phan Châu Trinh.